加拉巴哥群島在自然史上最值得提上一筆的，就是後知後覺的達爾文在其《日誌》上所寫的一段話：某一範圍內的不同島嶼上，居住著一組不同種類的生物。意思是不同的島嶼上，住著一些有血緣關係但為不同種或亞種的生物。他接著寫道：第一次讓我注意到此一事實，是群島副總督勞森先生誇口說：各島所產的巨龜各有其特徵，隨便拿一隻來，我都有把握說出牠來自何島。雖然副總督先生一番話，可能是達爾文一生裏別人告訴他的事情中最重要的一件，但他卻似乎置若罔聞。勞森不經意地點醒他島嶼物種形成的概念，但達爾文領悟得太慢了。
加拉巴哥巨龜間最明顯的不同就是殼的外形。西班牙島產的巨龜外殼呈鞍狀，也就是龜殼外緣向上拱起，好讓牠的頭能伸向高個子的植物。聖克魯茲島產的外殼就呈圓丘狀，外緣是下垂的。這些外形上的不同，顯然是為了要適應兩島間生態上的差異。在西班牙島氣候乾燥，巨龜必須靠仙人果下垂的分枝維生。而聖克魯茲島氣候潮濕的高地上，長滿鮮嫩多汁的草和其他食物，因此那兒的巨龜低著頭便能飽餐一頓。
大島依莎貝拉上有五座火山峰，每一座各有其外殼形狀不同的巨龜族群。住在多草的南方眾族群，外殼大致符合圓丘狀，而北方眾族群則傾向鞍狀外形。
除了外形還有其他特徵可資區別。依達爾文所言，聖提亞哥島（Santiago ）的巨龜外形較圓顏色也較黑，而且吃起來較美味。不過今日的分類學家已不得不捨棄這種標準。
達爾文的疏忽
達爾文後來應該後悔把副總督對龜殼差異的評述當成耳邊風。他說：我沒有留神注意聽這段話，因此從兩島蒐集來的樣品有部份混在一起了。他沒想到條件如此相似、距離如此近的島嶼，上面卻各有其獨特的生物。
如我前面提過，他在研究方法上的錯誤不僅限於巨龜而已。同樣地，他也不管原產自何島，便把部份鳥類標本混在一起。在後來出版的《日誌》中他坦承：很不幸，大部份的雀科標本都混在一起了。在這邊要聲明的，即使最早的《日誌》版本，其寫成時間還在達爾文回到英國之後。《日誌》這本書是他以小獵犬號上的日記和野外筆記為藍本寫成的文學作品。因此在想法上，可能和在野外實地工作時不同。
滿心熱情地蒐集，卻沒有記下可供追蹤的時間或地點，便粗心地把標本搞成一堆，以致錯失分佈模式中所提示的群島物種形成。直到後來返回英國，在分類專家的協助下，達爾文才發現資料蒐集不完全，只能憑空想像裏面究竟有何玄機，那時，他才真正對所犯的疏失感到惋惜。而這種反省，正是《日誌》之所以不同於日記之處。
有一種普遍存在的誤解：加拉巴哥群島上有十三種淡褐色雀科小鳥為對應不同生態角色，而使喙的形狀產生差異。這就是以達爾文雀聞名的加拉巴哥雀。一般人相信達爾文因牠們才得以一窺演化之堂奧。但這與史實相左，事實上是嘲鶇（mockingbird）引領了達爾文。
在達爾文的《日誌》中對於嘲鶇的角色有此認知：比較由我和船上其他團體射得的許多嘲鶇標本，發現所有來自查爾斯鳥（Charles）屬一種（Mimus trifasciatus），來自亞柏麥爾島（Albemarle）屬M.parvulus，由詹姆士島（James）和查森島（Chatham）島取得的屬M.melanotis，我的注意力第一次被徹底激發。
即使今天Mimus改為Nesomimus，島名也有所更迭（如詹姆士島更名為聖提亞哥島），並無損其所含之意義。加拉巴哥嘲鶇有四種，源於共同祖先。其中一種有七個亞種，現在分佈在七座島上。這些確切的事實就是島嶼物種形成，而且仍在進行中。達爾文看到了這樣的分佈模式。
相對而言，嘲鶇的分佈模式較為單純。沒有一座島上同時有兩種嘲鶇，這和雀科全部攪成一團的分佈模式當然極為不同。由於雀科移徙頻繁，以致某些島上同時有十種雀。
而為何嘲鶇的分佈模式會那麼單純？可能是嘲鶇的冒險性比雀類小，較少來往於島與島之間；也可能來到群島的時間較晚，因此時間還不夠。不管理由為何，嘲鶇歧異化的程度仍停留在初始階段，不同種和亞種仍然各自孤立在不同的島上。因此不會因為競爭壓力，而迫使同處一島上的另一種嘲鶇向奇怪的新角色發展。
嘲鶇和雀類兩相對照之下，對島嶼物種形成和孤立明細表中適應輻射間的微妙差別，做了相當好的詮釋。