還記得嗎？孤立明細表中還有島嶼物種形成這一項。這個過程不僅讓島上的動物和植物區系增加其怪異性，也同時增大區系內的多樣性。過程一開始是某一種動物或植物移徙到群島的某座島上，接著是短距離移徙到群島各島上，建立獨立的族群。在一段時間後，這些獨立族群的基因逐漸歧異，直到每座島上都發展出本身特有、而彼此血緣又相近的種類。在群島各島間距離恰好能移徙，但極少情況下可以讓這種過程發生。如果島嶼間的距離太近，交流頻繁，便無從產生基因歧異。
加拉巴哥鬣蜥便是島嶼物種形成的例子。不過因為尚在初期階段，因此分散在各島的族群還沒歧異到物種完全形成的那一點。故這一個種（Amblyrhynchus cristatus）現在包含在七個島上的七個族群，基因上有些不同，但彼此還能連結。如果再把這些族群聚在一起，牠們還是能夠混血的。
依據近代分類學觀點，這些族群可視為種內的亞種。土產於聖克魯茲島的是A.cristatus hassi。牠的體型較鄰近其他島上的亞種為大，跟佛嫩迪娜島（Fernandina）和依莎貝拉島（Isabela）上大體型亞種類似。居住在群島東南緣的西班牙島（Espanola）島上的A.cristatus venustissmus以其鮮明體色而顯得與眾不同。而居住在東北緣的捷諾維沙島（Genovesa）上的A.cristatus nanus，體型小且色澤深。
這些鬣蜥族群中沒有特殊極端者。顯然其極端性不如有十三種不同的加拉巴哥雀，或昆哈島上的十六種象蟲（weevil ），或菲律賓群島上囓齒類物種形成的程度。以上敘述提醒我們，島嶼物種形成在這個星球各群島上普遍發生。
一些由深海火山所形成的群島，諸如馬斯卡林、夏威夷和加拉巴哥群島，提供島嶼物種形成所需的適當距離。它們雖然成群但彼此分隔，達到隔絕和移徙間的平衡點，讓族群間能分隔及歧異。鬣蜥有七個亞種就是典型的成果。其他還有加拉巴哥特有的五種壁虎（Phyllodactylus屬），七種加拉巴哥熔岩蜥蜴（Tropidurus屬），和擁有十四個亞種的加拉巴哥巨龜。所有這些定域化多樣性（localized diversity ）在現代的演化學說下比較能夠理解，而達爾文雖然從巨龜看到島嶼物種形成，但以當時的知識背景，他也不知道這一切該如何說起。