馬德拉群島上不會飛的甲蟲在《物種起源》一書中有相當吃重的份量。就是牠們把達爾文最優異與最笨拙處皆展現出來。達爾文的方法是整理許多小又不起眼的事實，形成一件偉大而單一的主張，他就是這樣處理馬德拉群島甲蟲的。雖然這些甲蟲看起來既小又沒什麼份量，但其後似乎蘊藏著某種偉大的意義。
馬德拉群島突起於摩洛哥以西四百英哩的東大西洋上。群島由兩座島嶼組成，一座為珊朵島（Porto Santo），另一座較大，生態上也較豐富，就叫馬德拉島（Madeira）。馬德拉島是一處陡峭的火山岩隆起，海拔高度達六千英呎。它高聳的中央山脊挺立在赤道的和風和暴風之中，兩旁一系列的橫向嶺脊高度逐漸降低，整個樣子就像是一匹馬消瘦時露出的肋骨。
概述一下當地的地形，可能有助於說明這麼一座小島在昆蟲方面竟有如此豐富的生物多樣性。位於貿易航道上的馬德拉，曾是歐洲西向橫越大西洋航船的最後停靠站之一。由於是一座較易親近的海洋性島嶼，它很早便引起科學家們的注意。我前面已經提過，一八五四年萊爾曾經造訪該島，並留意到馬德拉甲蟲擁有高度的地方特殊性。另一位達爾文的伙伴渥拉斯頓（T. Vernon Wollaston ），對那兒的昆蟲做了更徹底的研究，然後把自己的發現發表在一八五六年出版、獻給達爾文的一本書中。
渥氏完成的重大發現如下：五百五十種馬德拉島的土產甲蟲中，有二百種已失去飛行能力，而這二百種甲蟲的翅膀都小到可說毫無用處，甚至有一些僅剩下微小的殘跡而已。若以屬的層級來看，不會飛的比例更高。馬德拉島特有的二十九屬甲蟲中，有二十三屬所含的種都沒有飛行能力。同時渥氏也注意到，一些在大陸上極為普遍，並特別仰賴飛行的大型屬甲蟲，在馬德拉島完全看不到。
他的朋友達爾文抓住這些事實，並援引他們與兩個不同的主張相連天擇演化和用進廢退的演化效應。其中在用進廢退的主張上，已經證明達爾文犯了大錯。至於在天擇方面，錯誤似乎還沒那麼離譜。
後天特徵能否遺傳？
《物種起源》一書中的第五章<變異的法則>（Laws of Variation ）中，有一段達爾文錯誤的斷言：我想毫無疑問地，從家畜常用的身體部位就會強壯肥厚，而廢置不用的就會萎縮消失來看，這些改變是可以遺傳的。他的研究涵蓋狗、家鴿和賽馬，而其結果都誘使他相信某一代中所獲得的諸項特徵，能夠透過生物作用傳遞給下一代。如果上述所言對家畜能夠成立，那麼為什麼對一座強風肆虐的島嶼上的甲蟲就不適用？
達爾文的邏輯推理若要成立，必須滿足三項前提：
一、為了避免被吹落海，馬德拉島甲蟲傾向於在地上爬行；二、由於慣於爬行，導致其翅膀逐漸萎縮；三、當一隻母甲蟲翅膀因棄置不用而萎縮時，牠所生的小甲蟲應該與生俱來就沒有翅膀。達爾文以為，馬德拉島上翅膀萎縮的多種甲蟲，給後天獲得的特徵能夠遺傳提供最好的證明。
今天我們知道事實並非如此個體在其一生中可以獲得某些後天特徵，而這些特徵可以傳承給下一代，成為他們先天的屬性這個觀念與現代遺傳學的金科玉律相牴觸。試想，如果一位婦人在車禍中斷了一條手臂，那麼她會生下獨臂兒嗎？我想不會。健美先生就能保證他的小孩臂力驚人嗎？我想也不能。但如果所獲得的特徵是可遺傳的，這類現象就會發生。
有某些現代生物學家視達爾文為真正的先知，把上述用進廢退的觀念視為拉馬克邪說他們將罪過推給較早期、觀念模糊的演化學者拉馬克（參見前述之<演化與隔絕>一文）。但確實在《物種起源》一書中的第五章可以見到同樣的觀念。如果它是邪說，不就是達爾文給達爾文派的學者一巴掌？
不過達爾文倒是沒強調用進廢退和其可遺傳效應是解釋渥氏數據的主角。他認為天擇（自然選擇）還是重要些。
天擇偏愛強壯者。在典型的大陸條件下如果飛行能夠在覓食、擇偶和抵禦掠食者等方面佔有優勢，那麼精於飛行就是強壯的標準之一，而善飛好手會比拙於飛行者留下更多的後代，整個種的飛行能力也因之逐漸增強。
但在馬德拉島之類的島嶼上，天擇反而可能懲處那些有著大翅膀、精於飛行的個體。為什麼呢？因為牠們被風吹落海的機率很高。一旦落了海，牠們的基因就此從島上的基因池中消失。結果，善飛的基因便從這個孤立族群中篩除。只有那些飛行能力差，以及偶然出現的完全不會飛的突變種，能夠繼續在島上繁衍。以如此假說，加上後天獲得特徵之類引人疑惑的推論，達爾文驟下結論說：馬德拉群島上之所以會有如此多的無翅甲蟲，主要是天擇的作用，這一論點他是對的，而可能還加上用進廢退作用。這一點則不敢苟同。
達爾文把用進廢退的觀念擺在第二位，而對他的主要論點天擇，顯然還是較有把握。在描寫天擇如何使孤立的昆蟲族群喪失飛行能力時，他說：在為期數千代的時間裏，只有飛得最少的個體不管是因為翅膀發育不全，還是懶散的個性所致，不容易被吹落海而有最高的存活機會。那些能飛善舞的，反倒是最常被吹到海裏而死亡。不管有或沒有事實的確證，達爾文說的應該就錯不了。當然，這種說法聽起來似乎比用進廢退那一套有說服力多了。但我認為，一個出自權威人士嘴裏能說服人的假說，並不能保證就是對的。
《物種起源》一書內容像百科全書般豐富，但其中不乏未臻成熟的偏見。它猶如各式各樣意見和事實所成的大雜燴，包括拉馬克學說、動物飼養、地理學、動物行為學、實驗植物學、島嶼生物地理學，甚至連廚房洗滌槽都扯了進來，反正只要是讀者想得到，裏面都可以找得到。
但達爾文並沒有完全回答裏面的問題，而有回答的，答案也並非絕對可靠。比方說，二十世紀的演化生物學家就已經摒棄他的用進廢退觀念。另外，還有一位名叫達林頓（Philip Darlington）的現代研究者，挺身而出挑戰達爾文解釋馬德拉島甲蟲不會飛的觀點。