若干年後華萊士會把當年在阿魯群島上充滿冒險性和異地風情、寂寞沮喪以及片刻得意的歷險事蹟，透過懷舊情懷寫成遊記，收錄在他最廣為人知的文學著作《馬來群島》（The Malay Archipelago）一書中。
<阿魯群島的自然史>這篇較早期的短篇論文，重點不在個人事蹟，而偏重在觀念的闡述。這篇論文約略可分為三部份：第一部份是行程概述，僅以幾行文字簡單帶過；接著提出他的觀察所得，涵蓋阿魯群島在地質學上的特異處，以及一份他已蒐集到，或者至少親眼看過的鳥類和哺乳類動物名單。後者是第三部份立論的基礎，華萊士從中抽絲剝繭而得到一些模式。
究竟是什麼動物以阿魯群島為棲息地？除了兩類天堂鳥（C.regius和P.apoda）之外，依華萊士估計還有上百種的鳥類。在他的記錄單中包含十二種鴿子、四種隼（falcon）、九種蜜雀（honeyeater），十三種鶲（flycatcher）、十種鸚鵡或擬鸚鵡、三種伯勞、兩種八色鶇（pitta ）、五種太陽鳥（sunbird）和十一種翠鳥。
這些阿魯群島的鳥類，有許多在東向的新幾內亞也找得到。如此重疊的現象相當引人注意，其理由有二：第一，新幾內亞的距離似乎太遠了（對鸚鵡而言，一百英哩海洋是很可怕的藩籬）；第二，這些物種在群島的更西邊就找不到蹤跡了。
華萊士發現，頰上有玫瑰色斑塊的黑色大葵花鸚鵡，僅見於新幾內亞和澳洲，從沒散佈到西邊的西里伯斯島。他另外發現另一種新幾內亞的葵花鸚鵡，特徵是肉冠為硫黃色，以及一種體型很大、不會飛的鳥，也就是一般人所熟知的澳洲食火雞（學名為Casuarius casuarius）。
並不是只有鳥類東向自成一系統，他獵過、看過或曾聽聞的有袋動物有半打之多，包括一種袋鼠和數種斑袋貂。
牠們為什麼缺席？
那兒也有一些動物缺席，因而頗耐人尋味。華萊士提到啄木鳥、咬鵑、巨嘴鳥、寬喙鴨、噴鴷科鳥（puffbird ）、蜂虎（bee︱eater）等六科鳥類，遍佈爪哇、婆羅洲、西里伯斯等群島西端諸島，但在阿魯群島卻完全絕跡。哺乳動物方面的分佈模式雷同。除了豬（常常是因人類遷徙而被帶入新的島嶼）和蝙蝠（以本身較佳能力自行跨海），群島兩端的哺乳類動物竟無一屬彼此共同的。依據華萊士的報告，阿魯群島上沒有食肉動物、囓齒類動物、靈長類動物，連有蹄哺乳類動物也沒有。除了豬和蝙蝠外，其餘哺乳類都屬於有袋類動物。
從上面的結果所能理出最明顯的結論，就是阿魯群島和新幾內亞及澳洲是一夥的，而與其他群島諸島不同。
當華萊士乘船東行遊歷，通過某個界線後，便從一個動物地理學國度跨越到另一國度。在這個剛進入的國度裏，負鼠取代猴子，葵花鸚鵡取代咬鵑，食火雞取代東南亞疣豬，而天堂鳥究竟取代了什麼物種，則無法得知。
生物族群的轉變起自龍目島，到阿魯群島臻於圓滿。這項事實反映在阿魯群島和新幾內亞間動物區系的顯著相似性。華萊士寫道：我相信沒有其他以海相隔如此遙遠的兩地，會有這般相似的一致性。
錫蘭和印度間的距離小於阿魯和新幾內亞，但錫蘭和印度間動物的差異較大；塔斯馬尼亞島距澳洲大陸不遠，可是兩地間動物的不同還是比較顯著；薩丁尼亞（Sardinia）和義大利亦復如是。峇里島和龍目島兩地相隔很近，但之間的動物差異卻遠超過阿魯和新幾內亞間。華萊士覺得如此現象只有一種說法可以解釋，那就是在近數百萬年前，阿魯群島和新幾內亞間有陸橋相連。
就地理學觀點來看，這樣解釋是說得通的。阿魯群島西邊的海床沉陷坡度極為陡峭，東邊朝新幾內亞的海水很淺。這也就是說，阿魯群島座落在新幾內亞陸棚的邊緣。
除了海床地形學外，阿魯群島本身還提供一項更具震撼性的證據：那些海峽，也就是那三條切割陸塊的擬河水道，讓華萊士禁不住會想到它們是真正河流的一部份。
雖然今天水道內的水是鹹水，水位並會隨潮水起落。但華萊士挖空心思，想不出地球上的任何島嶼會有類似的切割方式。因此，他認為只有：假設這些水道曾經是真正的河流，發源自新幾內亞的山上。後來隨著中間地段的陸沉而成為現在的樣子，這樣才能合理解釋。
華萊士視它們為某些被截斷的古新幾內亞流域的下游，當地質上的陷落造成上游部份沉落到海平面下，僅留下阿魯群島孤立在陸棚上。如果他對了，那麼曾有一段時間，河水自新幾內亞流到阿魯，而有袋動物在其間自由地來來去去。
蒐集並整理好哪些種類棲息於哪裏的資料後，他提出一個關鍵性的問題：為何這一切會如此？
在此必須提醒一點，在華萊士所處的年代，量身打造說還是很普遍的，任何其他看法似乎都會被視為顛覆性的異端。但假如上帝真如那些自以為正統的人士所說的那樣，是根據特定的地理條件，設計出適合該地的動植物，那麼為何阿魯群島上的動物區系，會跟其他馬來諸島上的不一樣？如果地理條件和氣候相似，為何動物卻不相似？
為何阿魯或新幾內亞找不到猴子和啄木鳥？是否有科學性的解釋，還是那只是上帝開的玩笑？
唯一可以確定的是，華萊士的阿魯文章中，關於觀念和模式探討的範圍，顯然不自限於阿魯一隅。