學界大檢閱
經過二百多位不同學科專家學者的努力，夏商周斷代工程預定的第一至第八個專題的結題工作大致已完成。由於八個主題的結果是根據不同角度、不同材料、不同方法和路線多層次建構而成，因此需要對各項成果進行一系列分析研究，並進行整合、匹配，才能建立起整個夏商周三代的總體年代學架構。
一九九九年五月十二日，夏商周斷代工程組織了金文曆譜、武王伐紂天象、甲骨年祀和仲康日食四個重要專題的大型聯合研討會，對相關問題進行整體討論、分析、研究和整合。
自一九九九年五月中旬起，各主題、專題成果大致上得以匯總，以李學勤為首的工程首席科學家，一面進行成果整合，一面著手主持《夏商周斷代工程一九九六至一九九九階段成果報告︱簡稿》（以下稱《簡稿》）的起草工作。為使《簡稿》盡可能全面而又簡明扼要地反映工程的研究主題、方法和成果，工程特別成立了《簡稿》起草小組負責《簡稿》的起草任務。
為了整合西周和商代後期年代學成果，工程首席科學家在組織用兩套思路反覆推排金文曆譜的同時，又對武王伐紂天象計算進行復核，並組織了由商末三五周祀譜推尋與商代曆日的對應關係等重點攻關。為了解決夏商考古研究的缺環，並建立起完整的西周考古年代序列，工程又新增設周原西周文化分期與研究等專題，使整個工程下設的專題，由原來的卅六個增強到四十四個。而加速器質譜法測試過程對設備調試的研究，特別是骨質樣品製備專題對甲骨樣品的碳樣純化問題的研究，也伴隨著工程成果整合的過程，不斷加以改進和深化。由於不同學科成果的交叉、匹配，以及碳十四定年資料與考古資訊的擬合等一系列難點的解決，西周至商後期1七個年代支點才得以標定，夏商周年代架構才得以更堅實地建立起來。
就在工程對成果的研究整合不斷取得新的進展之時，以彭林為首的《簡稿》起草小組，在對各課題、專題的結題報告以及總體情況進行深入分析，並對其論點、論據及其結論進行歸納、提煉的基礎上，對工程整合的新成果及時加以吸收，從而完成了《夏商周斷代工程一九九六至一九九九階段成果報告︱簡稿》的定稿。
一九九九年八月，工程召開專家組會議，就以上《簡稿》進行審議。在長達七天的討論中，專家們對《簡稿》的部分內容和觀點提出了修改意見。隨後，工程首席科學家與起草小組對稿本進行了仔細的推敲和修改，進一步形成了《夏商周斷代工程一九九六至一九九九階段成果報告︱簡稿》（徵求意見稿）。此稿就夏商周斷代工程的目標、研究途徑、實施情況，以及各課題、專題的研究成果等，作了簡要而較全面的介紹，並附有《夏商周年表》。《年表》中所列的幾個大的年代支點是：夏的始年為西元前二○七○年、商的始年為西元前一六○○年、盤庚遷殷之年為西元前一三○○年、武王克商之年為西元前一○四六年。在這個大的架構之內，還有商後期與西周各列王的年數。
在成果正式對外公布之前，根據夏商周斷代工程領導小組的指示精神，由中國史學會、中國考古學會、中國科技史學會暨夏商周斷代工程項目辦公室聯合舉辦夏商周斷代工程成果學術報告會，這次來自全國不同學科的一流學者聚會北京，既是學術界一次難得的中秋大團圓，也是對工程成果的一次空前檢閱。
面對夏商周斷代工程所取得的一系列重要成果，與會的二百多位專家學者給予高度讚揚和充分肯定。他們認為，這些成果體現和代表了當今年代學研究的最高水準。工程所採取的自然科學與人文科學相結合的學術探索，在自身取得成功的同時，也對相關學科的發展起了極大的促進作用，尤其是工程成果所體現的眾多專家、學者相互合作的群體精神和團隊精神，將對即將到來的新世紀中國的學術研究和學科建設產生深刻的影響。
會上，來自三個學會的負責人金沖及、柯俊、徐蘋芳分別代表報告會的主辦單位發表了講話。除三個學會的負責人發言外，與會學者分成歷史組、考古組、科技組等三個組，對工程成果展開了廣泛的討論。在肯定工程成果的同時，學者們也對其存在的不足和缺陷毫無保留地提出了改進意見。
參加這次學術成果大檢閱的近六○位考古學家，討論極其熱烈，有的學者與學者之間因同一個問題的不同看法而產生了激烈的爭論。如在談到有關夏文化和河南龍山文化的關係問題時，來自中國社會科學院考古研究所的資深研究員安志敏和來自武漢大學歷史系的楊寶成教授，相繼發表了如下類似的觀點：河南龍山文化和夏文化在考古學上應該是兩個文化，兩者的文化面貌有很大的區別，這是很多曾在河南工作過的同志比較一致的看法。如果把它們看成是一個文化，如何解釋文化上的這種突變呢？因此，不能僅僅根據河南龍山文化晚期的年代和二里頭一期的年代接近，就把它們看成同一個文化的早、晚階段，在考古學上是不好的。
上述觀點遭到了曾長期主持二里頭遺址發掘工作的中國社會科學院考古研究所研究員趙芝荃的反駁，趙芝荃說，工程將夏文化的上限提到河南龍山文化晚段是一個重要的突破，河南龍山文化和夏文化雖然是兩個文化，但後者是前者的發展，這個觀點工程一定要堅持下去。但趙芝荃同時認為，河南的禹州瓦店遺址具有較多的特殊性，早期夏文化應該到其他遺址如新砦遺址中去尋找。來自河南省考古研究所的研究員許順湛也認為二里頭文化不能代表整個夏文化，早期夏文化要到河南龍山晚期去尋找，但是河南龍山文化晚期有若干個類型，如王灣類型、煤山類型等，這些類型和二里頭文化之間都有斷層，因此工程需要慎重考慮。
針對工程把登封王城崗遺址看成是禹都陽城的觀點，許順湛表示不敢苟同，其原因是王城崗遺址的規模太小，總共才一萬平方公尺左右，有人戲稱為羊圈，同時期的龍山城比它大得多。前些時候在河南密縣發現了一個古城堡約十六、七萬平方公尺，城牆有幾十公尺高，且這個城堡保存得很好。如果王城崗是所謂禹所居的陽城，令人懷疑的是，為什麼禹不在大的城堡裡去統治別人，而是跑到一個戲稱羊圈的地方去呢？所以，工程需對這個問題慎重考慮。針對許順湛的質疑，來自北京大學的部分學者反駁道：這座城堡在同時代出現的城堡中的確不能算大，但其所處的地理位置十分重要，因為這正是先秦古籍中禹居陽城的所在地，而且恰恰就在其東不遠處，發現了戰國時期的陽城城址。過去安金槐首倡王城崗龍山城堡禹都陽城說，不少人以該城面積太小、時代過早而加以否定。不過細細研究有關文獻記載，說的都是禹居陽城、禹都陽城、禹辭避舜之子商均於陽城，還沒有一處是說禹築陽城。因此我們不能排除禹受舜禪之前，陽城已經存在的可能。如果允許這種推測，那麼將王城崗古城使用期的晚期遺存作為最早的夏文化，便不無道理。
這次為時三天的學術會議，標誌著學術界對夏商周斷代工程階段性成果進行了一次大檢閱的同時，也體現出與會專家對工程寄予殷切期望，對成果的進一步修訂和完善，無疑起了重大的推動作用。
科學與文明的里程碑
夏商周斷代工程成果學術報告會結束後，工程辦公室對有關會議的發言資料做了全面的蒐集和整理，除在大會和分組討論會上七十餘名學者的發言外，還蒐集、整理了學者們會後提交的近四十份書面意見。
一九九九年十月十八日，工程召開了專家組組長會議，對蒐集到的意見作了歸類和討論，並提出了相應的處理方案。對一些考古問題如：商後期日月蝕的推算問題、金文曆譜的一些問題等，應盡可能參考並吸取正確內容以改進工程成果。對涉及不同學科存在的學術觀點分歧，有的難以在短時間內形成統一的意見。如關於夏文化的分歧，對鄭州商城、偃師商城等遺址歷史名稱的分歧，以及西周金文月相的分歧等，這些方面應採取兼聽的態度，盡可能瞭解各方面的看法。但在報告中只能根據工程的研究成果採取一種意見。同時《簡稿》限於篇幅，只能以結論為主，對於其他不可能作詳細的說明，修訂後的《簡稿》應在這方面盡可能地加以改進。
就以上歸納和研究的方案，工程首席科學家採取了如下具體的改進措施：
一、進一步加強常規碳十四和甲骨定年工作，具體落實所補充的測試內容，並根據進展情況作進一步研究。
二、對周王年所依據的七個支點的論證，進一步組織討論，切磋研究主要分歧。
三、進一步加強對若干考古遺址的發掘和研究。
四、在認真梳理、研究報告會中學者們的意見的同時，組織更強大的人員班底，對《簡稿》進行全面修改，以達到盡可能完善的目標。
一九九九年十一月廿六日，工程四位首席科學家就以上制定的具體措施向科技部鄧楠等領導人員作了彙報。鑑於有些碳十四定年資料還需要繼續測試，李學勤代表專家組提出將工程的驗收推遲到二○○○年第一季度完成，這個請求得到了科技部的同意和支持。
繼這次彙報會之後，根據預定的方案，工程本著實事求是的科學精神，對已有成果進行了充實和修改。如針對報告會中，考古學家俞偉超、林法等學者提出的灃西H18灰坑的地層關係、碳十四定年資料與武王克商範圍的界定等問題，工程專門召開專家組會議進行了進一步探討和研究，並責成碳十四定年專家對商後期和西周初期的測定資料全部重新進行檢查、排比、擬合。最後認為原《簡稿》中有些表達方式和碳十四定年資料不夠精確即需要重新修改。如《簡稿》所陳述的T1第四層與H18的交界，可作為商周間的界標一說，確實是把兩者之間的一條橫線當成了分界，這種說法自然就不夠科學，事實也並不如此。較準確的表達方式應該是：作為先周文化晚期，即商代末期典型單位的H18和作為滅商後，西周初期文化典型單位的T1第四層，為從考古學上劃分商周界限，提供了理想的地層依據，武王克商之年應包含在這一年代範圍內。後來工程按這種說法對《簡稿》進行了修改。在碳十四定年資料的一系列工作中，對灃西H18灰坑所出一組數據，在一九九八年用樹輪校正曲線重新進行高精度扭擺匹配，得到武王克商年的範圍為西元前一○五○至前一○一○年。而加速器質譜儀法的定年數據則為西元前一○六○至前九九五年。從這兩組數據來看，跟《簡稿》中所提的公元前一○五○至前一○二○年稍有差異。
當然，要確定武王克商的年代範圍，以及商周的分界，正如報告會中考古學家俞偉超所言，灃西H18是個重要材料，但不是決定性和唯一的材料。工程專家組經過深入探討後認為，與推定武王克商年範圍有較直接關係的考古遺址樣品系列，除上述灃西H18的系列外，還有商後期的殷墟系列、西周的琉璃河系列和天馬︱曲村系列。經過對這些遺址系列樣品五十多個資料的重新檢查、樹輪校正和擬合匹配，所得資料（見本書第九章）與灃西H18定年結果對比研究，再結合其他方面的材料，最後得出武王克商年的範圍為西元前一○五○至前一○二○年。
在工程對《簡稿》進行修改、充實的過程中，首席專家在這期間除安排碳十四定年繼續工作外，還根據工程需要，安排了一些新的考古發掘，如安陽洹北商城的探測與發掘、河南密縣的新砦遺址和陝西周原遺址等。特別是對於金文曆譜的問題，根據考古學的類型學研究，進行了新的研究和新的調整。參加工程的考古學家、古文字學家以及天文曆法專家達成了相當一致的意見。而其他若干問題，也在陸續召開的學術討論會中得到了解決。
二○○○年四月廿四日，夏商周斷代工程召開專家組擴大會議，就最新修訂而成的《夏商周斷代工程一九九六至二○○○階段成果報告︱簡稿》（下稱《簡稿》）進行了全面討論。會後，工程首席科學家又對《簡稿》的具體細節再度作了修訂，使《簡稿》更加完善。
二○○○年五月十一日，夏商周斷代工程領導小組召開會議，鄧楠、陳佳洱、韋鈺、張文彬、江藍生、劉恕、錢文藻（代表路甬祥）等領導小組成員，以及工程特別顧問李鐵映、宋健等，共同聽取了工程專家組的彙報。與會的領導人員對工程所進行的自然科學與人文社會科學相結合的實踐，以及所取得的夏商周三代年代學成果的意見，充分給予肯定和高度評價。
二○○○年九月十五日，由科技部組織的國家九五科技攻關計畫夏商周斷代工程項目驗收會正式召開，驗收專家組由十五人組成，分別是：
組長：
陳佳洱，國家自然科學基金委員會主任、院士。
副組長：
錢文藻，中國科學院副秘書長、研究員。
劉慶柱，中國科學院考古研究所所長、研究員。
成員：
柯俊，北京科技大學教授、院士。
方守賢，中國科學院高能所研究員、院士。
劉家和，北京師範大學史學所教授。
張豈之，清華大學思想文化研究所教授。
詹子慶，東北師範大學歷史系教授。
石興邦，陝西省考古研究所研究員。
鄭振香，中國社會科學院考古研究所研究員。
盧央，南京大學天文系教授。
杜升雲，北京師範大學天文系教授。
蔣崧生，中國原子能研究院研究員。
陳傳宏，科技部農村與社會發展司副司長、副研究員。
謝煥忠，教育部科技司副司長。
根據國家規定的科學研究專案驗收會一系列議程，驗收專家組對夏商周斷代工程的階段性成果進行反覆審議後一致通過。驗收專家組認為：夏商周斷代工程預定的研究目標已經達到，在此基礎上得出的《夏商周年表》，是我國古代歷史自西周晚期共和元年以前，迄今最有科學依據的年表，是現階段所能達到的最好結果。
二○○○年十一月九日，夏商周斷代工程階段成果在北京對外正式公布，作為工程的標誌性成果有如下十二項：
（一）在我國歷史時代定年中，採用系列考古樣品碳十四定年的方法，使誤差縮小，獲得成功，在斷代工程中發揮了重要作用。
（二）碳十四定年樣品的製備品質穩定，骨質樣品的提純方法可靠。常規法測試精度達到千分之三；加速器質譜儀法測試精度達到千分之五，並首次對系列的有字卜骨進行加速器質譜儀法定年。
（三）灃西H18的發現與定年，為商周分界確定了範圍。琉璃河H108成周卜甲的發現與定年，琉璃河M1193、晉侯墓地M8的研究與定年，晉侯蘇鐘的研究，以及有關遺址的分期和系統定年等，為建立西周年代學體系，提供了重要依據。
（四）以嚴格的考古類型學方法，排定四要素俱全的西周青銅器順序，為金文曆譜研究奠定基礎。透過對吳虎鼎等關鍵青銅器的斷代研究，推定西周諸王年代，並證明共和以下曆譜可信。
（五）對一九九七年三月九日新疆北部的日全蝕進行觀測，從理論和實踐上證明，黎明時的大蝕分日蝕會形成天再旦現象，並確認懿王元年天再旦時間在西元前八九九年四月廿一日。
（六）根據天文推算、文獻和金文曆日研究、考古與碳十四定年的綜合研究，選定西元前一○四六年為武王克商年。
（七）採用黃組周祭卜辭三系統說，排定商王帝辛的祀譜，經與商末曆日比對研究，推定帝辛年代。
（八）排除三焰食日為日蝕的可能性。結合甲骨分期研究與賓組卜辭五次月蝕的證認，推定了商王武丁的年代。
（九）安陽洹北商城遺址的發現，在商文化考古學上有重大意義。
（十）確認鄭州商城和偃師商城的始建為夏商分界的界標。
（十一）對仲康日蝕的已有研究成果做出總結，並進行新的研究和推算。
（十二）在自然科學與人文社會科學相結合、多學科交叉研究途徑上做出探索，並累積了一定經驗。
夏商周斷代工程所推定的三代年表如下：
夏朝各王依序為：禹、啟、太康、仲康、相、少康、予、槐、芒、泄、不降、扃、廑、孔甲、皋、發、癸；期間為西元前二○七○年至西元前一六○○年。
商代前期各王依序為：湯、太丁、外丙、中壬、太甲、沃丁、太庚、小甲、雍己、太戊、中丁、外壬、河亶甲、祖乙、祖辛、沃甲、祖丁、南庚、陽甲、盤庚（遷殷前）；期間為西元前一六○○至西元前一三○○年。
商代後期各王依序為：
盤庚（遷殷後）、小辛、小乙，三王在位期間共五十年，西元前一三○○年至西元前一二五一年；
武丁在位期間計五十九年，西元前一二五○年至西元前一一九二年；
祖庚、祖甲、廩辛、康丁四王在位期間共4四年，西元前一一九一年至西元前一一四八年；
武乙在位期間計三十五年，西元前一一四七年至西元前一一一三年；
文丁在位期間計十一年，西元前一一一二年至西元前一一○二年；
帝乙在位期間計廿六年，西元前一一○一年至西元前一○七六年；
帝辛（紂）在位期間計卅年，西元前一○七五年至西元前一○四六年。
西周各王依序為：
武王在位期間計四年，西元前一○四六至西元前一○四三年；
成王在位期間計廿二年，西元前一○四二至西元前一○二一年；
康王在位期間計廿五年，西元前一○二○至西元前九九六年；
昭王在位期間計十九年，西元前九九五至西元前九七七年；
穆王在位期間計五十五（共王當年改元）年，西元前九七六至西元前九二二年；
共王在位期間計廿三年，西元前九二二至西元前九○○年；
懿王在位期間計八年，西元前八九九至西元前八九二年；
孝王在位期間計六年，西元前八九一至西元前八八六年；
夷王在位期間計八年，西元前八八五至西元前八七八年；
厲王在位期間計卅七（共和當年改元）年，西元前八七七至西元前八四一年；
共和在位期間計十四年，西元前八四一至西元前八二八年；
宣王在位期間計四十六年，西元前八二七至西元前七八二年；
幽王在位期間計一十一年，西元前七八一至西元前七七一年。
從上表可以看出，夏商周斷代工程為中國西元前八四一年以前的歷史，建立起了三代年代學的框架，其中包括四五九年的西周（共和前）和商後期年表。工程定夏代始年約為西元前二○七○年；夏商分界約為西元前一六○○年；盤庚遷殷約為西元前一三○○年；商周分界為西元前一○四六年。同時排出西周十王具體在位年數和商代後期從盤庚到帝辛（紂）的十二王大致的在位之年。歷史的迷霧終於得以廓清，遺留千古的學術懸案得以破譯。自此，中國古代文明史的確切紀年向前延伸了一二二○年。
世紀回聲
夏商周斷代工程自一九九六年五月十六日正式啟動，至二○○○年十一月九日對外公布成果，前後共經歷了四年多的時間。在這樣一個或許有些短暫的時間界限內，要對二千多年來瑕瑜互見、紛繁複雜的前賢研究成果，給予全面綜合評估，本身就不是輕而易舉的事情。而要取得超越歷代鴻學碩儒的研究成果，破解延續二千餘年的學術懸案，參與工程的二百多位專家學者所承載的學術重壓和現實困難是可想而知的。
受工程研究途徑、方法和重大意義的啟發，北京大學以天時、地利、人和的優勢，聞風而動，於一九九六年三月，率先成立了北京大學•夏商周斷代工程領導小組和學術顧問小組。校長吳樹青對此作出了全力以赴做好工作，發揮北大多學科的優勢，在這項國家重大工程中，作出無愧於北大的貢獻的批示，以實際行動支援工程的進展。與此同時，北京大學校方還通過關心、參與工程，推動以社會科學和自然科學結合為目標的學科建設，並在全校範圍內形成了讀史愛國的氣氛。工程啟動的消息傳出後，山西大學專門設立了與工程對應、配合的研究項目。四川大學、山東大學等多家高校和科學研究單位，紛紛提出請求，希望能參與工程，為三代年代學的研究助一臂之力。國內學術界巨擘，如著名歷史學家吳澤、楊向奎，著名考古學家蘇秉琦、著名科學家錢學森、錢臨照、錢偉長、彭桓武、何澤慧、柯俊、王綬琯等學者，都以不同的方式對工程表達了誠摯的祝賀與期待。已是九十高齡的著名考古學家、古人類學家賈蘭坡院士，對夏商周斷代工程的啟動和進展，以及研究成果，給予極大的讚賞和鼓勵。
毫無疑問，工程所取得的階段性成果，解決了一批歷史紀年中長期懸而未決的疑難問題，廓清了遺留千古的學術迷霧，填補了中國古代紀年中最令人迷茫的一段空白。這項成果在彌補了中國古代文明史研究領域一個缺憾的同時，也將二千多年來歷代鴻學碩儒對三代紀年探尋的理想和求索的火種得以延續，並了卻了逝者難以釋懷的遺願。夏商周斷代工程，是一扇當代學者開啟古老文明的窗，是一聲當今人類投給歷史的呼喚，是一種新的關切和擁抱中國的開始。它將作為一盞文化的燈火，在未來的漫漫征程中，映照出一條科學的、遠航的路，使更多的有識之士，興二反三、觸類旁通，在歷史的長河中溯流而上，去作更加高深的研究，締造更豐碩的成果，追索與探尋中華民族五千年文明歷史的源頭，為中國文化傳香火於天下。
當然，由於時間、研究條件和科技水準等諸方面的局限，夏商周斷代工程所達到的只是當前最好的成果，不敢相信這是最後的真理。