全國看北京，北京看北大。一時間，北京大學成了新聞中心。
五月九日，從北京大學爆出一條轟傳一時的新聞：校長蔡元培留下一紙辭職啟事，不知去向！蔡元培突然出走，事出有因：北京學生一萬五千人所為之事，乃加罪於北大之一校，北大一校之罪加之於蔡校長之一身。盛傳，北洋政府以三百萬金購人刺蔡。為了蔡元培的安全，眾友人力勸他火速離京，暫避風頭。於是，五月九日拂曉，蔡元培秘密登上南下火車，悄然前往浙江，隱居於杭州。
一個多月後六月十一日，又從北大爆出一條新聞，掀起一番新的波瀾。
暮靄降臨北京城。鬧市之中，前門外珠市口西，門口懸著浣花春字號的川菜館裡，一張八仙桌，五位客人正在聚餐。沒有高聲猜拳，只是低聲悄語。操一口皖腔、穿一身西服的是陳獨秀。不知什麼原因，那件西服顯得鼓鼓囊囊。另四位分別是《新青年》編輯高一涵、北京大學理科教授王星拱、北京大學預科教授程演生、內務部僉事鄧初，他們或者衣襟鼓起，或者帶著一隻手提包。飯足，天色已一片濃黛。王星拱、程演生朝另三位點點頭，先走了。他倆前往城南遊藝園。事先約定，李大釗在那兒等他們。
陳獨秀和高一涵、鄧初一起出門，朝新世界走去。新世界是模仿上海的大世界，由一位廣東商人出資建造的遊藝場，主樓四層，坐落在離浣花春不遠的香廠路和萬明路交叉口。新世界是個熱鬧的所在，唱小曲的，說相聲的，演京戲的，放電影的，賣瓜子的，吃包子的，喝茶的，人聲嘈雜，熙熙攘攘。陳獨秀怎麼忽然有閒情逛新世界？只見他們三人進了大門，幾條黑影也隨著閃了進去。進門之後，陳獨秀、高一涵跟鄧初散了開來。鄧初鑽進茶室，又走進戲園。陳獨秀和高一涵各處看了看，見到燈光明亮如晝，搖了搖頭，朝樓上走去。陳獨秀這書生，頭戴一頂白色草帽。他原本為了不讓人認出來，但萬萬沒有想到，這頂白帽子給那幾條黑影帶來莫大方便。即使在人群簇擁之中，也很容易找到這頂白帽！走，到屋頂花園去瞧瞧！高一涵熟悉那裡，便帶著陳獨秀走上四樓樓頂。樓頂那屋頂花園，是盛暑納涼用的。這時還未到納涼時節，空蕩蕩的，一片漆黑。他倆從屋頂花園邊緣伸出頭來一瞧，第四層的露臺上黑壓壓一片人群，正在觀看露天電影。這兒太好了！陳獨秀顯得非常興奮。他從懷裡掏出那鼓鼓囊囊的東西，朝下一撒，頓時，像天女散花一般飛舞。正在聚精會神凝視銀幕的人們騷亂起來，仰起頭驚訝地望著夜空中飄舞的白紙，你爭我奪，秩序大亂。陳獨秀趁這機會，又甩了一大把紙片。就在這時候，黑暗中躥出一個人，朝陳獨秀說道：給我一張。陳獨秀竟然隨手給了他一張。那人借著亮光一看標題：北京市民宣言。
猛地，那人尖嗓高喊：是這個！就是這個！一下子，從暗處撲出幾條黑影，一下子就把陳獨秀扭住。原來，密探們盯住陳獨秀已經多時！高一涵一見情況不妙，躥上天橋想逃。密探大喊：還有一個！那邊還有一個！高一涵在緊急之中，把懷裡的傳單一古腦兒從天橋撒下，登登登跑過天橋，扔掉長衫、草帽，下了樓，鑽進混亂的人群。這下子，把尾隨抓捕的密探甩掉了。高一涵跑到樓下一看，鄧初正在檯球場裡發傳單呢。高一涵連忙過去告訴鄧初：獨秀被捕了！別開玩笑！鄧初還不相信哩。就在這時，陳獨秀被一群密探簇擁著，押下樓來。陳獨秀一邊走，一邊高聲大叫：暗無天日，竟敢無故捕人！陳獨秀這般大嚷，為的是讓高一涵、鄧初知道，盡快逃避子夜，萬籟俱寂。北京大學附近的箭桿胡同九號陳寓，響起了急促的擂門聲。誰呀？屋裡傳出女人的驚訝的問話。開門！門外一聲粗魯的命令式的答話，表明事態嚴重。那女人意識到發生意外，連忙披衣下床。她叫高君曼，乳名小眾，陳獨秀的第二位妻子。陳獨秀奉父母之命，在十八歲時與年長他三歲的高曉嵐結為夫婦。高曉嵐乳名大眾，文盲，小腳，與陳獨秀的思想幾乎相差一個世紀！婚後，生下三子，即延年、喬年、松年。後來，陳獨秀愛上高曉嵐同父異母之妹高君曼。高君曼乃北京師範學校畢業生，喜愛文學，思想新潮，跟陳獨秀志趣相投。一九一○年，陳獨秀與高君曼不顧陳、高家族的反對，在杭州同居。也正是在這個時候，沈尹默結識了陳獨秀。當陳獨秀出任北京大學文科學長之後，把高君曼也接來，在箭桿胡同同住。高君曼未及開門，大門已被撞開，闖進一大群荷槍實彈的警察、士兵，屋裡、屋外足有百人之眾！陳家亦即《新青年》編輯部所在地，遭到了徹底的大搜查。《新青年》、陳獨秀的信件，都落到了警察手中！當夜在城南遊藝園散發傳單的李大釗得知陳獨秀被捕的消息，焦急萬分。李大釗找來了北京大學德文班學生羅章龍（一九八九年九月十五日，筆者在北京訪問了九十三歲高齡的羅章龍，請他回憶此事）等人，要他們以北京學生的名義發電報給上海學生，把陳獨秀被捕的消息捅出去，動員輿論進行營救。隔了一天六月十三日，陳獨秀被捕的新聞見諸北京《晨報》。全國各大報《時事新報》、《民國日報》、《申報》、《時報》也都披載。一石激起眾怒，各界紛紛抨擊北洋政府。
一時間，各地抗議電報紛至遝來，飛向北洋政府。
李達在《民國日報》上發表《陳獨秀與新思想》一文，說得痛快淋漓：陳先生捕了去，我們對他應該要表兩種敬意。一，敬他是一個拼命鼓吹新思想的人。二，敬他是一個很為了主義肯吃苦的人。
捕去的陳先生，是一個肉體的陳先生，並不是精神的陳先生，肉體的陳先生可以捕得的，精神的陳先生是不可捕得的。
要求快恢復無罪的、有新思想的、鼓吹新思想的陳先生的自由來。《民國日報》一九一六年六月二十四日。那位已經回到湖南的二十八畫生毛澤東，在《湘江評論》創刊號上寫了《陳獨秀之被捕及營救》一文，讚譽陳獨秀為思想界的明星：
陳君之被捕，決不能損及陳君的毫末，並且留著大大的一個紀念於新思潮，使他越發光輝遠大，政府決沒有膽子將陳君處死，就是死了，也不能損及陳君至堅至高精神的毫末。
我祝陳君萬歲！我祝陳君至堅至高的精神萬歲！
孫中山在上海會見徐世昌派出的和平談判代表許世英時，也很尖銳地提到了陳獨秀被捕之事：你們做的好事，很足以使國民相信，我反對你們是不錯的。你們也不敢把他殺死，死了一個，就會增加五十、一百個，你們儘管做吧！孫中山堅決要求徐世昌釋放陳獨秀。
許世英這位內務總長不敢怠慢，趕緊給徐世昌發去電報，轉告了孫中山的意見。京師警察廳懾於重重輿論壓力，在陳獨秀被關押了九十八天之後，終於在一九一九年九月十六日，由安徽同鄉作保，釋放了他。北李為南陳獲釋，熱烈歡呼，欣然命筆，寫了《歡迎獨秀出獄》一詩：你今天出獄了，我們很歡喜！他們的強權和威力，終究戰不勝真理。什麼監獄什麼死，都不能屈服了你；因為你擁護真理，所以真理擁護你。你今天出獄了，我們很歡喜！相別才有幾十日，這時有了許多更易：從前我的隻眼（隻眼是陳獨秀在《每週評論》上發表《隨感錄》所用的筆名，取意於南宋楊萬里的詩：近來別具一隻眼，要踏唐人最上關。）忽然喪失，我們的報便缺了光明，減了價值；如今隻眼的光明復啟，卻不見了你和我們手創的報紙！（指《每週評論》，由陳獨秀、李大釗創辦，一九一八年十二月二十二日創刊。陳獨秀被捕後，《每週評論》被北洋軍閥政府封禁，一九一九年八月三十日停刊。）可是你不必感慨，不必嘆息，我們現在有了很多的化身，同時奮起；好像花草的種子，被風吹散在遍地。你今天出獄了，我們很歡喜！有許多的好青年，已經實行了你那句言語：出了研究室便入監獄，出了監獄便入研究室。他們都入了監獄，監獄便成了研究室；你便久住在監獄裡，也不須愁著孤寂沒有伴侶。
在陳獨秀出獄之後，中斷了快四個月的《新青年》終於又和讀者見面了。
就在陳獨秀出獄的那天九月十六日，天津的十餘位男青年和十餘位女青年組織了一個嶄新的團體，取名覺悟社，出版刊物《覺悟》。覺悟社的領導人，是一位二十一歲的小夥子，名喚周恩來。《覺悟的宣言》便是他寫的。
應周恩來之邀，李大釗在九月二十一日來到天津覺悟社演講。緊接著，《新青年》編輯部的錢玄同、劉半農、周作人也應周恩來和覺悟社之邀，前往天津演說