哲宗在二十四歲駕崩，身後無子，傳位給弟弟，是為徽宗，一切朝政仍維持王安石的舊規。
元符三年的前半年，由神宗之后，新皇太后攝政，雖然為時甚短，卻有一大德政，就是赦免所有被貶謫的元祐老臣。
東坡當然也在特赦之列，他喜出望外，先渡海到雷州，探望子由和秦觀，秦觀繼子由之後，也被貶謫到雷州，這時蘇小妹已經病故。
東坡渡海北歸時曾寫了一首過海詩，抒發心中的感受：
參橫斗轉欲三更，苦雨終風也解晴。
雲散月明誰點綴？天容海色本澄清。
空餘魯叟乘桴意，無復軒皇奏樂聲。
九死南荒吾不恨，茲遊奇絕冠平生。
另外他在過嶺寄子由三首裏，描寫自己愉快的心情，有：
夢裏似曾遷海外，醉中不覺到江南。
投章獻策謾多談，能雪冤忠死亦甘。
山林瘴霧老難堪，歸去中原茶亦甘。
那些陷害他的小人，這時均得到應得的報應，紛紛遭到罷黜或貶謫；尤其是宰相章惇被貶到睦州，天下人都知道他陷害蘇東坡，所以都對他懷著仇視的心理。他曾經下過命令，地方官不得優待貶謫的罪臣，現在正好自食惡果；老百姓都對他嗤之以鼻，連房屋也不願租給他住，不久他終於死在睦州。
子由帶著家小先行北上，回潁州他的田莊去了。
東坡回到白鶴峰，聽說溫都監的女兒對他的一片癡情，很受感動，特別到墓前祭禱一番，並填了一闋卜算子，以示悼念：
缺月掛疏桐，漏斷人初靜，時見幽人獨往來，縹緲孤鴻影。 驚起卻回頭，有恨無人省，揀盡寒枝不肯棲，寂寞沙洲冷。
東坡在昏黃的暮色裏，走向西豐湖邊的松林，朝雲墳上墓木已拱，使他感念人生短暫如朝露，耳邊松濤陣陣，景物依舊。
他悄聲向朝雲禱告：
海外三年，從沒敢奢望還能回到妳的墓前憑弔，那裏瘴癘交攻，隨時都可能死亡；可是這次北歸之後，能否再來看妳呢？
東坡不覺泫然淚下，徘徊墓前，久久不忍離去。他漫步到六如亭前，發現又多了一副亭聯，意境頗佳，聯曰：
從南海來時經卷藥爐百尺紅樓強柳絮；
自東坡去後佛燈仙塔一湖明月冷梅花。
他呆坐石上，口中喃喃的反覆吟詠著聯語，一股悽愴、悲涼的情緒鬱結心頭。
東坡在海南三年，閑時經常到山野間採集藥草，考訂醫書，對藥理有不少心得；自己有點小毛病或家人鄰居生病，經他配藥服用之後也就好了。
這次從海南回來，還帶了一個滿滿的藥囊，隨時掛在身邊，沿途遇見生病的人，就送藥給他。
他用蕁蔴治風濕痛的方法，非常靈驗，能立刻止痛，治好的人不在少數，更增加了他研究的興趣和信心。
其實他不論對什麼事物都喜歡研究，有的時候也頗為迷信鬼神，對不可知的或無法抗拒的事，往往歸諸天命。
東坡在北歸途中，跟蘇過閒聊，他說：
你還記不記得，在儋州我曾經說過，我決不作海外人，因為那時候我覺得大有還歸中原的氣象。我曾經焚香祝禱：假如所感不差，則默平生所作八賦而不錯漏一字，寫完檢查，果然一字不差，過了不久，詔徙廉州的消息就到了。
他們一路上愉快的走著，第二道詔令又來了，改調他去湖南的永州；不久又接到第三次詔令，要東坡回京任用。
過大庾嶺的時候，在旅店休息，有一位老翁向東坡深深一揖說：
恭喜蘇大人放逐歸來，老朽聽說害您的人無所不用其極，今日能得北歸，真是上天有眼，保祐善人！
東坡向老翁道謝之後，就在壁上題了一首詩：
鶴骨霜冰心已灰，青松夾道手親栽；
問翁大庾嶺頭住，曾見南遷幾個回？
他們沿途瀏覽風景名勝，所到之處，只要知道是蘇東坡來了，立刻會有一大群人圍過來，懇求他寫字或畫畫留念，東坡總是笑呵呵的縱筆揮毫，其快如風。
每經過一個城市，為他設宴洗塵和慶賀的人更多，他是畿邊一位百戰沙場，勝利榮歸的英雄，人人都敬愛他，仰慕他。
他到海南島的第二年，又有人傳說他死了，所以回到廣州的時候，有一位朋友在宴會上半開玩笑的提起此事，並且說：
我當時也真以為你死了呢！
蘇東坡回答得很妙，他說：
不錯，我是死了，而且還到了陰曹地府；不過在路上遇見了章惇，所以決心還陽。
在場的人都被東坡的話逗得哈哈大笑，這就是蘇東坡的可愛處，在任何艱難困厄的環境下，都不失其詼諧天真的本性，而且勇於面對現實，敢於發抒見聞，絕不向橫逆屈服。