在外蒙古喀爾喀部跟準噶爾汗國的衝突事件上，我們可以看到喇嘛教的影響力量。
喇嘛是西藏語。喇，意思是上。嘛，意思是人。喇嘛，就是上人，就是高僧。我們回溯十三世紀蒙古帝國跟吐蕃宗教國的關係，可發現吐蕃的沒落，全是被佛教這個奇異的支派所促成。十四世紀時，蒙古政權被逐出長城，吐蕃跟蒙古的聯繫也告斷絕。後來，不知道什麼原因，吐蕃的名字消滅，而被稱為烏斯藏。到了上世紀（十七），又不知道什麼原因，烏斯藏的名字也消滅，而改稱為土伯特。
跟喀爾喀分為三部一樣，土伯特則分為四區：
一、藏（後藏，今西藏西部）
二、衛（前藏，今西藏中部）
三、喀木（也簡稱康，今西藏東部及四川省最西部）
四、青海（青海及柴達木盆地，二十世紀二○年代改稱青海省）。
喇嘛教主八思巴，於十三世紀時，被蒙古帝國加封為蒙古國師。在八思巴領導下，僧侶們都穿紅色袈裟，並娶妻生子，因之稱為紅教。政治權力加上靡爛生活，使紅教日趨腐敗。十四世紀五○年代，一位改革家在青海西寧城附近一個藏民部落中降生，名宗喀巴，他是喇嘛教的馬丁路德。十四歲時就當紅教僧侶，二十歲時就大膽地提出改革方案。他改穿黃色袈裟，禁止娶妻，以便全心全意宣揚佛法，因之被稱為黃教。改革在極端和平中進行，沒有經過歐洲式宗教改革那種血流成河的屠殺場面。紅教終於衰落，黃教一天比一天興旺。
宗喀巴是一位最有想像力的大師，他為喇嘛教創立一個別開生面的權力繼承制度。他有兩位門徒，一名達賴，一名班禪。宗喀巴宣稱這兩位門徒都是佛陀投胎，永不死亡，肉體雖然毀壞，但靈魂卻立即再轉生世界，永遠不滅。達賴、班禪在肉體毀壞（死亡）時，事先就預言他的靈魂要到某一個方向或某一個地方，以化身重生。逝世之後，先由高級巫師（拉穆吹忠）四個人，誦經作法，熱鬧一陣，然後分別出發去尋覓他身靈童。找到之後，迎回拉薩，經過一段時間的宗教教育，等靈童年齡稍長，再舉行坐床大典，成為喇嘛教的正式教主。坐床，就是坐在一張只有教主才可以坐的神秘寶床上，等於皇帝的登極大典，當然隆重非凡。
宗喀巴大師於十五世紀一四一九年逝世，達賴以大門徒身份，繼承為喇嘛教教主，班禪以第二門徒身份充當副教主。從此之後，就實行化身（呼必勒罕）統治。十六世紀時，那位使明政府招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎達賴三世到青海講道，蒙古人從那時候起，開始接受黃教。
上世紀（十七），四衛拉特之一的蒙古和碩特部領袖固始汗，從天山北路侵入青海（青海省）與喀木（西藏東部及四川省西部）。這時候，達賴、班禪同住在前藏的首府拉薩城，而仍信奉紅教的土王之一的藏巴汗，居住在後藏的首府日喀則城，跟黃教對抗。達賴宗教政府的最高執政官（第巴）桑結，向固始汗請求援助。固始汗接受這個邀請，出兵把藏巴汗殺掉，把原屬於藏巴汗的後藏土地，奉獻給教主。於是達賴仍住拉薩，而班禪則遷到藏巴汗所住的日喀則。固始汗大功告成之後，返回青海，留一個兒子率領蒙古軍隊，駐防拉薩。
一六八二年，達賴五世逝世，最高執政官桑結秘不發喪，仍用達賴的名義，為自己向中國請求封號，清政府不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。桑結跟當時準噶爾汗國的噶爾丹可汗，秘密結盟。噶爾丹對庫倫（蒙古烏蘭巴托）活佛的指責和對外蒙古的攻擊，都是桑結出的主意。直到一六九七年，噶爾丹自殺，中國才知道一直是桑結從中搗鬼，向桑結責問達賴何在，並暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。桑結國王才恐慌起來，急急忙忙找了一位名劄陽嘉穆磋的十五歲靈童（這時候達賴五世已死了十五年，所以這個達賴六世必須十五歲，表示他已轉生十五年），宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結向清政府報告說，他秘不發喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡說八道，但沒有追究。
西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗（固始汗的曾孫）主持軍事。