大躍進、公社化、共產風嚴重破壞了農村生產力，農業生產出現大滑坡。按河南省官方公佈數字，一九五九年農業產值三十五．五十五億元，比一九五八年下降八．九％，糧食總產量九十七．四十五億公斤，下降二十二．九％；一九六○年農業產值再下降十一％，糧食產量僅有八十八．六十九億公斤。由於高指標、高徵購、高調撥和極大的浪費，鄉村糧食儲備告罄，農民口糧告罄。鄉村中浮腫病、婦女病大量流行，耕畜、家禽也大量死亡（後來統計，全省牲口死亡七十四萬頭）。而吳芝圃竟對中央謊稱只有五％的群眾生活安排不好，堅持不要救災糧款，徵購任務一點不減少。一九六○年入春，公共食堂一一斷糧。吳芝圃在一九六二年一月給中南局的檢查承認：對河南五十八年、五十九年糧食產量，我曾經作過遠遠高於實際的估算不止一次向主席作了河南糧食數字的假報告反映全省群眾生活只有五％安排不好，其實那個時候正是信陽地區大批發生浮腫病和死人的時候。
一九五九年一月至二月，中共中央和國務院連續收到了大量的群眾來信，反映河南省東部的夏邑、永城、虞城、柘城、鹿邑等縣發生大量的浮腫病人和死人情況。一九五九年一月二十日，署名劉堤圈車站南北的群眾給黨中央、國務院的信中說：春節那天，在夏邑、虞城，田野裡挖野菜的遍地是人，所能吃的野菜都吃光了。在兩縣交界處各村都有人死亡，有的是排隊買東西一頭栽在地上就死了，有的在田野裡挖野菜就倒下死了。二月二十五日，署名山東即墨縣一千二百二十部隊全體官兵的信中反映，河南省的虞城、夏邑農民口糧每天只有四．八兩（十六進位，相當於十進位的三兩），誰要說吃不飽，就要被批判和挨打，說他們是右派。現在群眾就像綿羊一樣，不敢說話了。
在餓殍遍地的情況下，一九六○年《河南日報》的元旦社論卻以開門紅春意濃為題，繼續粉飾太平，仍堅持全面躍進。一九六○年二月，中共河南省委第十五次全會和全省五級幹部會議召開，吳芝圃作了《為實現一九六○年的持續大躍進而奮鬥》的報告，繼續反右傾，進一步大辦縣社工業、大辦水利、大辦養豬場，河南大躍進至此達到頂點。一九六○年三月，吳芝圃還向黨中央報告說，河南全省人口九十九％已入食堂，辦得好的食堂佔總數的六十六％。兩次鄭州會議上已對高指標有所批評，譚震林與吳芝圃還繼續搞畝產雙千斤試驗；信陽地區正在餓死人，但在毛澤東視察河南城鄉時，吳芝圃卻隱瞞不報。這年二月，信陽地委書記路憲文慌張地告訴吳芝圃發生死人問題，吳卻不採取任何措施，並於四月十五日，率中共代表團參加芬蘭共產黨黨代會。幹部群眾反對路憲文，吳卻鼓勵他挺起腰來繼續幹。力圖保住信陽所謂的糧食高產、鋼鐵高產和第一個公社的先進地位。因此，死人的事不斷擴大，密縣、鄲城、永城、虞城等縣和黃泛區因饑荒、疾病相繼出現大量死人的事件。除信陽以外，南陽、許昌兩個地區也大量餓死人。南陽地區淅川縣，兩年間人口就減少了五分之一，死亡比例不低於信陽地區。
南陽地區的唐河縣畢可旦，一九五八年秋也是大躍進的積極分子。報人民公社、辦公共食堂唐河都不落後。一九五八年秋，唐河縣建起煉鋼爐四千六百一十七個，將鋤頭、鐵掀等農具也扔進煉鐵爐，讓八十多歲的老太太拉風箱，他還對上級檢查的領導說：看，我們的老太太都能煉出鋼鐵。一九五八年六月七日《河南日報》在報眼位置報導了唐河縣湖陽鎮民主農業社二畝四分小麥，平均畝產一千一百零六斤的消息。六月九日，《河南日報》報導了唐河縣郭灘鄉、崗柳鄉、長秋鄉、湖陽鎮、源潭鄉平均每畝實產超千斤的消息。六月二十日《河南日報》又在報導唐河縣先鋒一社穀子：估計畝產可達一萬一千六百二十五斤。既然糧食產量高，徵購指標也就高，唐河縣糧食大量外調。一九五九年九月，食堂被迫停火。大批農民在死亡線上掙扎，到一九六○年春，因飢餓而死的農民達數萬。畢可旦頭腦清醒了，他先後五次向上級要返銷糧，都遭到拒絕。由於唐河縣反隱瞞不積極、被地區天天點名批評。接著，省、地委派工作組進駐唐河，認為唐河縣民主革命不徹底，要進行民主革命補課。工作組認為唐河縣的班子已爛掉了畢可旦停職反省，接受審查。同時，南陽地委將淅川縣、鄧縣、新野縣四名主要領導逮捕，報省裡執行槍決，省裡又上報了中央，雖然最後未獲批准，但是南陽各縣的主要領導都很震驚。十一月二十一日，中共唐河縣委召開擴大會議，實行面對面、背靠背揭發，畢可旦有意站在會議室門口同與會者一一握了手，當時同事們以為畢書記是準備去坐牢而告別。一九六○年頭十一月二十二日凌晨，畢可旦和妻子劉桂香帶領四個孩子排著隊一步步挪向井台，挨個跳進了井裡。經搶救，只有劉桂香及十四歲兒子畢劍增被救活，畢可旦及三個女兒畢金榮、畢玉春、畢玉英永遠離開了人世。
在飢餓中，各地都有人吃人的事件。鹿邑、夏邑、虞城、永城等縣共發現吃死人肉的情況二十多起。據中央工作組魏震報告，鹿邑縣從一九五九年十月到一九六○年十一月，發現人吃人的事件六起。馬莊公社馬莊大隊龐王莊貧農王玉娥（女，十八歲），於一九六○年四月十九日，將住在旁院的堂弟弟王懷郎（五歲）活活地溺死煮吃了。懷郎的親姐姐小朋（十四歲）也因飢餓難忍吃了弟弟的肉。
飢餓的農民深夜偷偷煮野菜飯充飢，很多家庭連鍋也沒有，早被砸了煉鋼。偷藏、偷吃者一旦被發現，就會被鄉村幹部抓起來批鬥、吊打。除了餓死以外，被打死的人也不在少數。
究竟河南在一九五九一九六一年的大饑荒中死了多少人？這至今仍是一個謎。文革運動中，群眾批判吳芝圃，有說死了三百萬。到二十世紀末，也有人說河南餓死了五百萬。這些說法都沒有提出確切的根據。
我們可以用《河南統計年鑒》上提供的人口數據作一粗略的計算。
表一二：河南省歷年人口自然變動情況
年平均人口（萬）：
一九五五年：四千六百零六 一九五六年：四千六百九十三
一九五七年：四千七百八十七 一九五八年：四千八百九十一
一九五九年：四千九百六十一 一九六○年：四千八百九十八
一九六一年：四千八百一十一 一九六二年：四千八百七十二
一九六三年：四千九百七十 一九六四年：五千零八十九
一九六五年：五千一百七十
出生率（千分比）：
一九五五年：三十．七十九 一九五六年：三十五．八十五
一九五七年：三十三．六十七 一九五八年：三十三．十五
一九五九年：二十八．零六 一九六○年：十三．九十八
一九六一年：十五．二十五 一九六二年：三十七．五十
一九六三年：四十五．零八 一九六四年：三十五．八十四
一九六五年：三十六．一○ 一九六六年：三十六．零四
死亡率（千分比）：
一九五五年：十一．七十五 一九五六年：十四．○○
一九五七年：十一．八十 一九五八年：十二．六十九
一九五九年：十四．十 一九六○年：三十九．五十六
一九六一年：十．二十 一九六二年：八．零四
一九六三年：九．四十三 一九六四年：十．六十一
一九六五年：八．四十五 一九六六年：八．二十四
自然增長率（千分比）：
一九五五年：十九．零四 一九五六年：二十一．八十五
一九五七年：二十一．八十七 一九五八年：二十．四十六
一九五九年：十三．九十五 一九六○年：負二十五．五十八
一九六一年：五．零五 一九六二年：二十九．四十六
一九六三年：三十五．六十五 一九六四年：二十五．二十三
一九六五年：二十七．六十五 一九六六年：二十七．八十
資料來源：《河南統計年鑒》二○○○年，第一百零三頁
大饑荒對人口的影響分兩個部份，一是非正常死亡人口，二是因飢餓使出生率下降，少出生人口。這兩部分可用下面兩個公式計算：
某年非正常死亡人口數等於當年平均人口乘（當年死亡率減正常死亡率）
某年少出生人口數等於當年平均人口乘（正常出生率減當年出生率）
其中：正常出生率等於【（一九五五，一九五六，一九五七年三年出生率之和）除三加（一九六四，一九六五，一九六六年三年出生率之和）除三】除二
正常死亡率等於【（一九五五，一九五六，一九五七年三年死亡率之和）除三加（一九六四，一九六五，一九六六年三年死亡率之和）除三】除二
當年平均人口等於（上年年底人口加當年年底人口）除二
為了更好地排除偶然因素的干擾，我取一九五八年前三年（一九五五一九五七）的平均數為起點，取一九六二年後三年（一九六四一九六六）的平均數為終點。計算出生率時，終點不取一九六二年而取一九六四年，是為了減少大饑荒以後有兩年人口補償性增長的不正常因素。但是，一九六四年人口普查，各地一次性地沖銷了前兩年多報的人口，使得一九六四年的死亡率有不正常的偏高。所以，計算正常死亡率時，後三年我取一九六三年，一九六五年和一九六六年。
用表一二計算出正常死亡率為千分之十．六十一；正常出生率為千分之三十四．七十一。
計算結果如下：非正常死亡人口，一九五八一九六○年分別為十．十七萬、十七．三十一萬和一百四十一．八萬，合計一百六十九．二十八萬。一九五八一九六一年少出生人口分別為七．六十三萬、三十二．九十九萬、一百零一．五十四萬和九十三．六十二萬，合計二百三十五．七十八萬。由於數據是官方的，這個死亡數字顯然比實際要少。我們可以粗算一下，信陽至少餓死一百萬，南陽、許昌、商丘三個地區加在一起餓死的人數不會少於二百萬。豫東以及其他地、縣也餓死了不少人。吳芝圃在檢查中估計，從一九五九年十月到一九六○年十一月，全省共死亡人口二百萬以上。他沒有說一九五八底到一九五九年十月年和一九六一年的死亡的人數，如果加上這兩個時段的死亡人數，即使按吳芝圃的估計，總的死亡人數也有三百萬人。文化大革命中群眾說訶南餓死三百萬，實際情況只會高於此數。曹樹基先生用他的方法計算結果是，一九五九一九六一年，河南省非正常死亡人口為二百九十三．九萬人，與我的分析相近。
河南餓死了這麼多人，作為省委第一書記中吳芝圃卻沒有受到處分。中共中央對基層幹部和高級幹部採取了雙重標準。
一九六一年一月三十日到二月十二日，河南省委在鄭州召開了省、地、縣三級幹部會議。這個會的內容是對河南省自一九五八年以來的問題進行揭露和批判，人們稱之為所謂揭蓋子會。這次會上除了揭露信陽問題以外，還揭露了河南省其他地區的饑荒問題，如豫東問題，密縣問題，長葛縣坡胡問題等。中共中南局第一書記陶鑄、第二書記王任重參加了這次會議。開始大家不敢講話，開到後來，大家義憤填膺、聲淚俱下。在血淋淋的事實面前，有的發言按照中共中央在信陽事件中對地、縣委主要負責人的定性，說吳芝圃是是階級異己分子，是死官僚，是披著共產黨人的外衣幹敵人的工作，說省委是壞人篡奪了領導權。要求對吳芝圃進行法辦。在這種情況下，陶鑄和王任重沒有理睬這些批評，反而引導大家把省委的錯誤定調為不是左傾冒險主義的路線錯誤，而是執行中央路線中犯了左傾冒險錯誤。這就是說，河南省委沒有犯路線錯誤，而是在執行中央路線的過程中犯了錯誤。這樣，錯誤的性質就大大減輕了。
陶鑄和王任重對省委領導人和地縣級領導人，採取了雙重標準：地縣級領導人是階級異己分子，是反革命復辟，一律法辦；而省委領導人卻連路線錯誤也談不上。顯然，這種丟卒保車的辦法是秉承了毛澤東的旨意。
王任重說，以吳芝圃為首的河南省委是執行中央路線的（如果他認為中央路線是造成大饑荒的原因，倒也是實話，但他認為中央路線是正確的）。他列舉：從一九五五年潘復生生病，吳芝圃在任河南省代理書記期間，在完成農業社會主義改造、城市商業社會主義改造方面，是堅決執行中央路線的；在一九五七年反右派鬥爭中，是堅決執行中央路線的；在同潘復生右傾機會主義作鬥爭中，是執行中央路線的，只是中間有點缺點，那是枝節問題；一九五八年大辦鋼鐵、大辦人民公社，也是執行了中央路線，當然，一九五八年也犯了一些錯誤。王任重對河南省委的工作進行歷史回顧以後說：河南省委的成績和缺點錯誤應佔什麼比重呢？應該是三七開，成績是七分，缺點錯誤是三分。王任重為省委幹部作了開脫以後說：信陽地區死人到底誰負主要責任？信陽那麼多人的血債應記在誰的頭上？主要責任在哪裡？應當說路憲文、馬龍山這些反革命分子是罪魁禍首。
吳芝圃在檢查中除了說自己在執行中央政策方面犯了左傾冒險錯誤，以致被敵人鑽了空子，在階級鬥爭中打了敗仗，惡果很大，教訓慘痛以外，也把責任推給了階級敵人。他這種推脫的根據，與毛說的三分之一的政權不在我們手裡的估計一致，毛聽了也會高興。吳芝圃在檢查中說：
根據所掌握的情況看，在河南，被階級敵人篡奪了領導權和部分篡奪領導權的縣、社、大隊已經超過了四十％。最近排隊的情況是：三類縣（市）四十三個，佔全省一百零四個縣的四十一．三十五％，三類公社二百五十六個，佔全省一千一百九十三個公社的四十四．零五％，三類大隊一萬零四百七十六個，佔全省二萬七千七百三十九個大隊的三十七．八％。在這麼多的地區，篡奪了領導權的階級敵人，利用我們工作中犯錯誤和災害造成的困難機會，向農村中的貧下中農進行極端殘酷的階級報復。階級敵人進行報復和破壞的目的，主要是毀滅人。敵人用種種剝奪人民吃飯的辦法，用種種無休止的強迫人民勞動的辦法，用奴隸主、封建地主和法西斯所用過的最毒辣的刑罰，活活把大批人餓死、累死、打死。甚至截路、姦淫擄掠、無所不為，簡直恢復到河南解放前國民黨、地主惡霸、土匪流氓的黑暗世界。估計從一九五九年十月到一九六○年十一月，全省共死亡人口二百萬以上。
陶鑄將會議意見匯報給周恩來，經過中央書記處討論，決定對河南省委領導人的處理意見：只要徹底揭露、堅決改正，可以不給處分，但省委領導主要成員作部分改組。吳芝圃沒有受任何處分，陶鑄對這個決定解釋說：吳芝圃和潘復生的情況不同。潘復生是路線錯誤，而且是抗拒，不改正錯誤。以吳芝圃為首的河南省委的錯誤不是路線錯誤。幾年來工作上的成績是主要的，只是在幾個月時間內犯了錯誤，而且中央一揭發，就堅決擁護，堅決改正。中共中央調廣東省書記文敏生任河南常務書記，調湖北省書記劉仰嶠任河南省委書記兼秘書長。七月，又調廣西第一書記劉建勳任河南第一書記。一九六二年四月，免去吳芝圃在河南的職務，調中南局任文教書記。
一九六二年一月，吳芝圃在給中南局的檢查中承認：對河南五八、五九年糧食產量，我曾經作過遠遠高於實際的估算不止一次向主席作了河南糧食數字的假報告反映全省群眾生活只有五％安排不好，其實，那個時候正是信陽地區大批發生浮腫病和死人的時候。吳芝圃沉痛地說：省委和我犯的錯誤嚴重得很，罪惡也大得很組織上無論如何嚴肅處理，我都沒話講的。處以極刑，我也應引頸受戮。吳芝圃後來數次心痛地表示：我欠河南五千萬人民的債一輩子也還不清。吳芝圃調到中南局主管文教。臨走時帶走了一百多箱線裝古書。廣東老幹部金明說，有一次毛主席到中南局，陶鑄將書記處書記向毛一一介紹，毛主席見了吳芝圃說：啊，你在這兒咧！吳哭了。還有一次，中南局幾省幹部開會，吳芝圃到河南省幹部的房間一一拱手謝罪，說：我有罪，我對河南人民有罪！